Algo que debemos entender es que Javascript es un lenguaje de programación y Jquery es una libreria de Javascript.
Una libreria o plugin de javascript es un archivo de codigo para potenciar alguna funcion.
Una de las diferencias principales es:
Abre tu explorador de codigo y en la pestaña de consola copia y pega en siguiente codigo.
Codigo javascript:
document.body.style.backgroundColor = "red";
Con Jquery:
$("body").css("background","blue");
La principal diferencia esta en el selector de body
$(«body») vs document.body
Pero jquery es mucho más que selectores auque es de sus principales caracteristicas.
Con Jquery se han creado muchos plugins desde crear ventanas emergentes, efectos parallax, sliders y demas efectos cool.
Si realmente deseas aprender Jquery te recomiendo la web oficial