Algo que debemos entender es que Javascript es un lenguaje de programación y Jquery es una libreria de Javascript.

Una libreria o plugin de javascript es un archivo de codigo para potenciar alguna funcion.

Una de las diferencias principales es:

Abre tu explorador de codigo y en la pestaña de consola copia y pega en siguiente codigo.

Codigo javascript:

document.body.style.backgroundColor = "red";

Con Jquery:

$("body").css("background","blue");

La principal diferencia esta en el selector de body

$(«body») vs document.body

Pero jquery es mucho más que selectores auque es de sus principales caracteristicas.

Con Jquery se han creado muchos plugins desde crear ventanas emergentes, efectos parallax, sliders y demas efectos cool.

Si realmente deseas aprender Jquery te recomiendo la web oficial